导致少精症的常见因素有：特发性精子减少，长期大量注射雄激素，由于负反馈作用使下丘脑促性腺激素释放激素减少而导致促性腺激素分泌降低，导致精子减少或缺乏；药物影响，可直接或间接影响精子生成。
禁欲3～7d，精液常规分析3次以上者，精子密度低于2000万而查不出任何病因，可考虑为特发性少精子症。当精子密度≤l× 10／mL时，可诊断为严重少精子症。
通过询问病史，体格检查及其他实验室辅助检查 (遗传学检查、内分泌激素测定、微生物学检查、抗精子抗体、微量元素测定等)大多能发现引起少精子症的病因。精液分析少精子并同时伴有引起少精子的疾病病因时，可诊断为继发性少精子症。
根据病史和体格检查可以初步确定是否存在隐睾和精索静脉曲张；根据有尿频、尿急、尿痛以及尿道烧灼样感以及尿道外口脓性分泌物、尿液检查脓细胞增多，前列腺液检查白细胞大于10／HP以及尿培养等可确定有生殖系统炎症。
免疫学检查可以确定是否存在自身免疫、染色体核型分析可确定是否存在染色体异常。测定血清FSH、LH、T、PRL也是少精子症检查的重要方法，若FSH、LH低于正常，为继发性少精子症，PRL升高为高泌乳素血症引起的少精子症。
另外有些少精子症原因不明，称为特发性少精子症
